В Институте биологии южных морей появилось новое современное оборудование. Дорогостоящая техника позволила существенно продвинуться в генетических исследованиях лаборатории биоразнообразия и функциональной геномики мирового океана. О своей работе по изучению плоских червей, паразитирущих на жабрах различных рыб Чёрного моря, рассказала младший научный сотрудник лаборатории Екатерина Водясова.
Уже около года Екатерина Водясова посвятила изучению генотипирования плоских червей, паразитирующих на многих видах промысловых рыб по всему миру. Эти маленькие организмы живут, располагаясь на жабрах рыб. Для молодых особей они могут быть смертельно опасны. Так, например, в Норвегии в водоёмах, куда попал плоский червь, происходит мор молоди лосося. В акватории нашего региона тоже водится разновидность этого паразита – лигофорус. Паразитирует он преимущественно на некоторых видах кефали – лобане, пиленгасе и сингиле.
ЕКАТЕРИНА ВОДЯСОВА, младший научный сотрудник лаборатории биоразнообразия и функциональной геномики мирового океана Института биологии южных морей им. А.О. Ковалевского РАН: «Для человека это, конечно, не опасно, но мы до сих пор не знаем, насколько он опасен для самой рыбы. Особенно, когда она находится в молодом состоянии. Для того, чтобы это понять, нам нужно изучить его геном – это то, из чего состоит наш организм, благодаря чему мы вообще способны жить и сопротивляться бактериям и всем факторам, которые нас окружают».
Масштабное исследование состоит из нескольких этапов. Во-первых, необходимо собрать материал – для достаточного количества образцов необходимо обследовать около 200 рыб.
ЕКАТЕРИНА ВОДЯСОВА, младший научный сотрудник лаборатории биоразнообразия и функциональной геномики мирового океана Института биологии южных морей им. А.О. Ковалевского РАН: «Первый этап – нам необходимо исследовать жабры рыб, вообще, заражена рыба или нет. Потому что зараженность зависит от температуры воды, от сезона – осень, зима или лето. Бывает, что мы смотрим рыбу, а на ней нет паразитов. Паразиты очень маленькие. Если вы представите, они где-то четверть миллиметра – глазами их увидеть невозможно, поэтому, конечно, нам нужны микроскопы».
Когда пробы готовы, их загружают в специальный прибор – секвенатор. При поддержке Департамента образования Правительства Севастополя и Российского фонда фундаментальных исследований Институту биологии южных морей удалось получить региональный грант на покупку одной из наиболее высокотехнологичных моделей техники, а также проведение самих исследований. Если само оборудование стоит не очень дорого, то реактивы обходятся примерно в 160-200 тысяч на один запуск прибора.
«Вот это у нас ячеечка, которая будет помещаться непосредственно в секвенатор. Здесь у нас окошечко для загрузки. Сейчас мы будем туда загружать пробу. Сначала нам нужно убрать лишнюю жидкость, чтобы обеспечить место для загрузки пробы. Вот мы её убрали и сейчас будем помещать нашу пробу, которую сразу отнесём на секвенатор».
В приборе находится так называемая пора, которая считывает проходящую через неё нить ДНК из пробы. Так вырисовываются целые цепочки «кирпичиков» ДНК, которые могут собрать и проанализировать специалисты. Приборы прошлых поколений позволяли анализировать только по одному кирпичику. Собирать из них общую картину было гораздо дольше и сложнее.
ЕКАТЕРИНА ВОДЯСОВА, младший научный сотрудник лаборатории биоразнообразия и функциональной геномики мирового океана Института биологии южных морей им. А.О. Ковалевского РАН: «Существует целая команда биоинформатиков, которая помогает собирать эти кирпичики в одну большую дорогу. И уже на этой дороге мы ищем гены, которые показывают нам, восприимчив этот паразит к каким-то внешним воздействиям или нет».
Для биоинформатического анализа к исследованию привлекли коллег из Института цитологии и генетики в Новосибирске. Они помогут собрать полный геном плоского червя и проанализировать его, выяснив особенности его воздействия на рыб и способы борьбы с этим паразитом. Результаты работы учёные обещают представить научному сообществу уже в сентября.
София Драговоз, Анатолий Паньков, «Севинформбюро»
