Михаил Павлович Бочкарев войну встретил курсантом Высшего военно-морского училища имени М.В. Фрунзе. Принимал участие в формировании 75 отдельной морской стрелковой бригады. Участвовал в битве за Москву.
С 1943 года служил на Северном флоте в Краснознаменном дивизионе истребителей подводных лодок.